やはり、新サーバ、ダメですね。数日おきに極端に遅くなります。気づくたびにWebサーバを再起動しなければいけません。
サーバによっては、明け方に毎日WebサーバやMySQLサーバを再起動したりして回避するらしいのですが、それは根本的な解決にはならないと思います。
前のサーバとはPHPのバージョン、MySQLのバージョンが異なるほか、CMSをXOOPS 2 からMODxに変更しているわけですが、明け方にサーバが遅くなるところをみても、ちょっとスペックが足りないのかもしれません。少なくとも、現サービスはメモリサイズが小さく、メモリサイズの不足はhttpdとMySQLの接続のトラブルの原因になる可能性が高いようです。
気合い入れてリニューアルしてみたけど、根本から考え直さなければいけないかもしれません。たとえば、CMSを使わなければこのサーバでもOKかもしれないし、使いたければ現在のサーバではたぶん不十分です。もうちょっと考えさせてください。
ご利用のみなさまにはご迷惑をおかけします。